蛋白口袋超图表示
PAMol 将 EGFR 等靶点口袋转化为超图结构,以氨基酸为节点、空间邻域为超边,捕捉残基间高阶关系;同时编码口袋序列,为后续分子生成提供靶点约束。
模块名称:Pocket Hypergraph Encoder





PAMol 将 EGFR 等靶点口袋转化为超图结构,以氨基酸为节点、空间邻域为超边,捕捉残基间高阶关系;同时编码口袋序列,为后续分子生成提供靶点约束。
模块名称:Pocket Hypergraph Encoder
融合口袋结构表示与序列表示,通过局部卷积、全局映射和逐元素交互提取跨模态特征,形成统一的口袋特征向量,提升模型对靶点空间环境的理解能力。
模块名称:HGNN + ProteinBERT + MCF
以口袋特征为条件,结合分子指纹与理化性质,引导生成器产生候选分子;再通过判别器和药化指标评估结构适配性、类药性、合成可及性与分子多样性。
模块名称:Conditional Molecule Generation